наборы пакетов

ИМХО core соответствует stage3

> в арче есть такая фенька - наборы пакетов: core, extra и т.д.

так вот, я хочу как-то реализовать это у себя в генте

Всё реализовано до вас.
man layman

насколько соответствует арчевский core гентушному stage3? или, может, он больше соответствует stage2?

Ни насколько. Всё зависит от навёрнутых USE и соответственно списка получаемых пакетов в system.