Исправление firkax, (текущая версия) :
Возможно пхп-скрипты плохо написаны. Был бы у тебя php-fpm вместо апача, можно было бы в его логах сразу посмотреть расходы проца на каждый из запросов. А так можешь смотреть какие дольше всего выполняются, и надеяться что это и есть те, которые жрут проц (что не факт).
Ну или прикрути профайлер какой-нить (ничего конкретного не подскажу), чтоб смотреть в каком месте кода тратится проц.
А ещё может тебе на сайты кто-то майнер залил и вот он работает. Искать так же как и просто нагрузку на проц.
Исходная версия firkax, :
Возможно пхп-скрипты плохо написаны. Был бы у тебя php-fpm вместо апача, можно было бы в его логах сразу посмотреть расходы проца на каждый из запросов. А так можешь смотреть какие дольше всего выполняются, и надеяться что это и есть те, которые жрут проц (что не факт).
Ну или прикрути профайлер какой-нить (ничего конкретного не подскажу), чтоб смотреть в каком месте кода тратится проц.